莆田市气象局的机构规格为正处级，设局长一名，副局长2名，纪检组长1名(副处级)。

主要职责：负责本行政区域内气象事业发展规划、计划的制定及气象业务建设的组织实施；负责本行政区域内气象站点网络布局和气象设施建设项目的审查；对本行政区域内气象活动进行指导、监督和行业管理。

建立短时临近预报业务系统，增强突发性事件的应急气象服务能力。拓展海洋气象服务和城市气象服务。负责本行政区域内的气象监测、预报管理工作，及时提出气象灾害防御措施，并对重大气象灾害作出评估，为本级人民政府组织防御气象灾害提供决策依据；管理本行政区域内公众气象预报、火险气象等级预报、地质灾害预报等专业气象预报的发布。

管理本行政区域人工影响天气工作，指导和组织人工影响天气作业；组织管理雷电灾害防御工作，会同有关部门指导对可能遭受袭击的建筑物、构筑物和其它设施安装的雷电灾害防护装置的检测工作。

负责向本级人民政府和同级有关部门提出利用、保护气象资源和推广应用气候资源区划等成果的建议；组织对气候资源开发利用项目进行气候可行性论证。

组织开展气象法制宣传教育，负责监督有关气象法规的实施，对违反《中华人民共和国气象法》有关规定的行为依法进行处罚，承担有关行政复议和行政诉讼。

统一领导和管理本行政区域内气象部门的计划财务、人事教育、科研、培训以及业务建设等工作；会同县级人民政府对县级气象机构实施以部门为主的双重管理；会同地方党委和人民政府做好当地气象部门的精神文明建设和思想政治工作。

承担上级气象主管机构和本级人民政府交办的其他事项。

（1）内设机构

莆田市气象局内设办公室、业务科技科、政策法规科等

3个职能科室。

（2）直属事业单位

莆田市气象局直属正科级事业单位4个：莆田市气象台

（莆田市海洋气象台）、莆田市气象科技服务中心、莆田市防雷中心（莆田市防雷监测技术中心）、莆田市气候资源开发中心

（3）县（区）气象局

莆田市设3个县（区）气象局，机构规格为正科级。其中仙游为国家气象观测站一级站，荔城、秀屿为国家气象观测站二级站，设置在县区级行政区域的国家气象观测站与所在行政区域的县级气象局实行局、站合一。

（4）地方气象机构

经地方相关部门批准成立，由莆田市气象局管理的机构2个，分别是:

（1）莆田市防雷监测技术中心。

（2）莆田市人民政府防汛抗旱指挥部人工影响天气办公室。